Greasy Fork

1) а зачем вы изменяете шрифты?
font_family: 'Helvetica, Arial, sans-serif',
font_size: '12pt'
после каждого обновления отключаю эти строки.....

2) а зачем в исключениях куча банков и телеграм? они не выживут без этих скрипты яндекса?

Скрипт не изменяет шрифты. Нигде. Строка, которую вы цитируете, относится к модальному окну настроек самого скрипта. Отключая эти строки, вы вероятно просто ломаете данный функционал.

Поскольку скрипт глобальный, и работает на всех сайтах без ограничений, в некоторых случаях его код может конфликтовать с кодом ресурса. Если на таком сайте нет рекламы, и причин запускать там скрипт вообще, проще добавить сайт в исключения, поскольку для отладки в большинстве подобных случаев требуется аккаунт, который по понятным причинам отсутствует.

1) Это должно касаться только и исключительно окна настроек скрипта так-как мне не нравится стандартный шрифт с засечками там. У вас это где-то ещё проявляется?

2) Моему скрипту совершенно нечего делать на сайтах банков (по крайней мере я пока не видел случая, когда он там был бы нужен), в то же время там и на некоторых других сайтах (тот же Телеграм) периодически возникают проблемы из-за него. Одна из наиболее популярных это пересечение с объектом window.Ya, который мой скрипт создает на всех страницах. Некоторые средства сжатия кода переименовывают все глобальные переменные в 1-2 буквенные имена и в результате код на странице пытается записать что-либо в window.Ya, что приводит к ошибкам так-как запись не происходит.

например для https://www.inoreader.com/ у меня установлены:
https://greasyfork.org/ru/scripts/8973-hide-inoreader-ad
https://raw.githubusercontent.com/Hacksign/configs/master/firefox/plugins/greasemonkey/inoreader.user.js

только при включенных этих двух строках именно в вашем скрипте, именно на inoreader шрифт меняется на слабочитаемую хрень, в которой и строки и буквы друг на друга наезжают.

То есть, речь идёт о конфликте со сторонними скрипами? Укажите пожалуйста точные номера версий браузера и менеджера скриптов.

Да, пожалуй без точной конфигурации не понять что именно пошло не так. Я сейчас попробовал скрипт в Tampermonkey на Inoreader и каких-либо проблем со шрифтами или ещё чем-то не заметил. Да и сам скрипт в Shadow DOM создаваемый моим скриптом вроде не лезет.

Это не учитывая того, что сам стиль на страницу должен попадать только и исключительно при открытии окна настроек скрипта и удаляться вместе с его закрытием.

наверно какой-то глюк был, после чистки кэша через CCleaner все заработало правильно. специально переустановил пару раз ваш скрипт - все равно шрифты нормальные )))
причем просто перезапуск браузера не помогал...