Убедитесь пожалуйста, что вы используете совместимый менеджер скриптов - Tampermonkey, как это предусмотрено описанием, а не Greasemonkey или Violentmonkey. Если же проблема наблюдается именно при использовании Tampermonkey, укажите полную конфигурацию, как это описано здесь (пункт 4).
mail.yandex.ru перестал работать с включенным скриптом.
Так же на стартовой странице yandex.ru перестал работать блок новостей